看了题主选出的两套世纪最佳阵容，可以看出题主是绝对的真球迷，入选的各位确实都是球技出众的佼佼者，各怀绝技、各领 。
本世纪的最佳阵容
，前锋线有绝代双骄辅佐外星人的组合毋庸置疑是本世纪近20年来的顶配，技术、力量、意识应有俱佳；中场的小罗、齐祖和哈维都是技术狂魔，球风优雅且精于组织，创造力爆棚；后防线卡洛斯、拉姆分居左右，普约尔和卡纳瓦罗联手居中攻守俱佳；圣卡西镇守球门稳健沉稳，如果单看各条线确实似乎无懈可击，但这样的组合搭配在整体均衡性方面则存在一定的问题和缺陷。如果面对非 球队，这套阵容基本都可以游刃有余的从容应对，但如果遭遇题主给出的上世纪最佳阵容，结果估计会是惨不忍睹的溃败，缘于根本不在一个层级的巨大落差。
上世纪这套远古大神的阵容搭配则十分均衡，几乎是那种360度无死角的完美。八爪鱼雅辛是门将位置的荣耀至尊，是唯一拿过世界最佳的门将宗师，对比卡西显然更胜一筹；马队、卡福分居的左右边路，巴雷西和贝皇镇守的中路较之卡洛斯、拉姆、普约尔、卡纳瓦罗几乎是全面占优，无论是身高力量，还是攻守平衡，另外沉稳的球风和 气质显然碾压本世纪的四位。
中场马特乌斯和黑天鹅都是罕见的足坛全才和永动机，球风强悍透着优雅，无论是防守屏障还是进攻支撑，双玉合璧的功力势必事半功倍；有此两位居于身后，老马可以无所顾忌的施展他的足球才华，那注定是只有您想不到没有他做不到！老马撒开欢的左右开弓估计就够卡西忙活，何况老马再助人为乐的给前场三位大神喂饼！老球王的盘带纵横、穆勒的无双嗅觉再加上克圣的天马行空，本世纪的中后场想要抵挡对抗实在是心有余力不足。
小罗、齐祖和哈维的中场防守能力太过单薄，面对远古大神们的攻击几乎形同虚设；而后防线的身高是个致命伤，面对对手的海陆空立体集群攻击，注定漏洞百出。而反手攻击，虽然梅西、C罗们如今看似鹤立鸡群，但他们想要戏耍马特乌斯和里杰卡尔德，没那么容易。即使杀到后防面前，足球皇帝统领的后防线让谁占过便宜，何况有马队、卡队和巴雷西？
其实，这并非说题主的选择有什么问题，而是本世纪的足球世界星光较之上个世纪有所暗淡所致。当然江山代有才人出、各领 数百年，对于足球世界也是如此，高峰与低谷总是你方唱罢我登场的交替出现，让我们期待未来的更精彩！
题主的这两个阵容对比起来不太方便，我把他们放到一张图上来看一下更明晰。
既然题主的要求是比较哪个阵容更强，我们就先根据足球比赛攻守平衡的要求来说一下这两个阵容存在的问题。
阵容一总体来看还是非常不错的，后防线5人加上中场3人即是说是史上最佳也丝毫不为过，而且中场搭配合理，攻防兼备力量技术意识俱佳。锋线三人都是上世纪最优秀的前锋，但是盖德穆勒更多的是出现在中锋位置，打右边锋不太合适，如果能够换成一名纯正的右边锋这个阵容就完美了。
阵容二中锋线三人是本世纪公认的最强前锋，而且搭配合理，都是在各自最合适的位置。但是中场三人问题就非常大了，齐达内是前腰的最合适人选，但是其他两位中场怎么也得配一名防守型的吧，哈维虽然也能打后腰，但那是在巴萨的传控体系下。个人看法是如果把小罗换成马克莱莱这种黑又硬会更合理。后防线两边后卫不错，算是本世纪最佳，但是在中后卫的位置上相信会有不少朋友有不同意见。
最后回到题主的问题上来，如果这两套阵容真刀真枪的干一场的话，本世纪阵容的中场很难抵挡上世纪阵容的冲击，很有可能被大比分击败。本世纪阵容唯一的机会就是对方中后卫巴雷西和贝肯鲍尔身高不足，利用C罗超强的弹跳力和头球取得破门。
以上是个人看法，欢迎讨论。
又是一出关公战秦琼，而且上世纪阵容里面球星跨度半个世纪，这个世纪才二十年，这样比较也不公平，如果非要有个结果，那肯定是上世界的最佳阵容 ，理由如下：
前锋
贝利、克鲁伊夫、盖德穆勒无可挑剔，还有一堆可惜之人，如巴斯滕、巴蒂、维阿等等，本世纪的梅西、C罗和罗纳尔多，也没有问题，速度、灵巧性和射门准度无可挑剔，但是他们都是在追逐前辈的脚步，克鲁伊夫本身就是梅西的伯乐，梅西、C罗不断追逐的记录，也是盖德穆勒（年度进球数）、单一俱乐部进球数量以及职业生涯总进球数等等。
两者对比，上世纪前锋线起码不差于本世纪，不过本世纪的三大锋线足够出色，不弱于上世纪，所以旗鼓相当。
中场
马拉多纳，无可争议的球王，一己之力能够改变球队的巨星，身边搭配两个可组织有硬度的中场大神马特乌斯和里杰卡尔德，也是合理之极。
相对来说本世纪的中场，偏重组织，防守硬度不够，哈维虽然可以作为后腰但是身边少不了布教授的扫荡，否则根本拿不到球，可况对手是马特乌斯和里杰卡尔德，小罗技术 ，观赏性极强也非常实用，但是和齐达内一样属于进攻性选手。
所以两者对比，本世纪阵容不合理导致完败。
后防
上世纪的后防线不用解释，足球皇帝领衔，混领土防线 巴雷西，马队和卡福的边路可攻可守，门将雅辛是世界最佳，毫无疑问不用过多说明。
本世纪的后防线暂且不说是不是本世纪最佳，就当是，那是远远不能跟上世纪对比的，身高就是硬伤，面队盖德穆勒这种轰炸机，必死无疑，所以说根本就不是本世纪最佳，起码要搭配内斯塔、斯塔姆、费尔南德等后防大将，门将位置布冯更加合适。
两者对比，本世纪后防线将被完爆。
三条线除了前锋旗鼓相当，中后场完败，不具备可比性，希望在后面能出更多的防线大神。
如果按照你选择的这两套阵容，进行一场比赛。你选择的本世纪最佳阵容将会被上世纪最佳阵容吊打。
你选择的两套阵容都是打的433阵型。咱们先看看你选择的上世纪最佳阵容。前锋三个人没有问题，贝利，克鲁伊夫加盖德穆勒。中场三人马拉多纳打前腰，马特乌斯属于中场全能型球员，也可以打前腰也可以打后腰。完全可以与里杰卡尔德组成双后腰，或者担任组织型后腰，里杰克尔德担任防守型后腰。四名后卫选择的也没有问题。
咱们再看你选择的本世纪最佳阵容。前锋三人，大罗加梅西C罗组成。此三人作为锋线球员不会有任何的争议。四名后卫也没有任何问题。但是中场的三个人，能力是有但是不能用这三个人当中场。先看小罗，小罗一般踢的是前腰和内锋的位置，而齐达内踢的也是前腰的位置，哈维属于中场组织核心。但是三个人都不是纯防守型后腰，中场没有后腰拖后保护协助中后卫防守。所以这套阵容的防守不行。如果用这三个人当中场，与你所选的上世纪最佳阵容踢一场比赛。没有防守型后腰，对方的前腰马拉多纳，在禁区前想怎么踢就怎么踢。马拉多纳的突破能力是何等之强，还可以与中锋贝利，和两翼的克鲁伊夫和盖德穆勒做撞墙配合，轻而易举就能撕破对方防线。
就连梦三王朝时期的巴萨，那中场控制力是何等之强。有中场双核哈维和伊涅斯塔，还要加一个防守型后腰布斯克茨。所以你选择的本世纪最佳阵容，中场的三名球员实力是有，但是不能这样搭配。
首先说两句，这个阵容不知道谁评的明显是有问题的！
第一，不考虑阵容打比赛的话，就不用考虑阵容的平衡还有球员实际特点配合以及战术融合问题。
但如果考虑，上古阵容不说了，近二十年的阵容这个后卫线的身高真是堪忧！两个边后卫不超过170，中卫都不超180，这在近代的足球当中，这样的后卫平均身高，就是把致命弱点暴露给对手！
其次就是攻守均衡，一般来说评选阵容最容易出现的就是缺乏防守型中场，当年的银河战舰已经用失败证明了都是进攻大腕是没用的，还有就是当中场都是组织大师，谁来主导进攻的问题！
第二，阵容有争议的就在卡福身上，把他放在上世纪明显不合适，94年世界杯他还不算主力，98年很可惜没有拿到世界杯冠军，他是02年以队长身份举起大力神杯，和他差不多同时代的卡洛斯在本世纪，为啥他跑到上世纪？是想避开卡福和拉姆之争？上世纪应该是巴西的阿尔贝托，个人认为本世纪应该是卡福，他的能力跟拉姆基本伯仲之间，但是职业生涯更早更长更持久。
另外一个争议就是门将卡西利亚斯，我觉得布冯更合适。卡西利亚斯的巅峰过后，坠落的太快了，同样是年少成名，但是布冯更加稳定，很少出现失误，职业生涯末期依然是高水平的门将。论荣誉布冯确实略微逊色卡西利亚斯，但整体还是布冯更稳定更长时间处于高水平。
梅西换成维埃里，普约尔换成内斯塔，可与之抗衡
上世纪为:前锋，范巴斯滕，克鲁伊夫，贝利。中场，马拉多纳，普拉蒂尼，迪斯蒂法诺。后场，马尔蒂尼，贝肯鲍尔，鲍比穆尔，阿尔贝托。门将，雅辛。
本世纪，前锋，罗纳尔多，梅西，C罗。中场，齐达内，小罗，哈维。
后场，卡洛斯，卡纳瓦罗，拉莫斯，普约尔。门将，卡西利亚斯。
没的比这么说吧，上世纪最强和这个世纪最强踢10场。上世纪最强至少赢8场！
以中国人的见识、中国足球人的见识，还是少搞这种排名，因为以中国人最足球的理解和见地，只能是遗笑大方。
就好像一个几内亚人、或者老挝人搞了个什么“二十世纪世界最伟大的乒乓球运动员”，有人会理会吗？
同理，排这个名的小屁孩，你看过几场克鲁伊夫、贝肯鲍尔的完整比赛？出来道听途说和人云亦云，你还知道什么？
上世纪阵容完胜，最主要一点，中场，本世纪三个中场除了哈维有那么一丁点防守能力，其他纯进攻球员，而上世纪的中场里杰卡尔德和马特乌斯基本上能勉强防住。而马拉多纳一个人就可以把这个本世纪中场锤爆。
第二个巨大隐患是后防，身高就没有超过一米八的，好在那边中锋穆勒身高不高，要是来个巴斯滕，古力特之类的，光头球就砸死你。然后就是普约尔和卡纳瓦罗的中卫组合，他俩都是那种上抢型的后卫，球风硬朗但是略微毛糙的，根本防不住克圣加两大球王的冲击
足球！一项令人热血沸腾的运动；一个展现民族体魄力量的存在；一种突破自我勇敢拼搏的精神，让足球竞技与世界杯赛事，成为代代延续且最为备受瞩目的运动。足球不仅成就了赛事，更成就了一批又一批传说般的球员。他们各自身怀绝技，在赛场上施展着强悍的实力，创造出许多值得被足坛历史铭记的精彩瞬间。众多可以被称为优秀的球星涌现，但不是每个人都具备成为球王的资格。在漫长的近20年中，也只有5个可以接近球王称号的球星，那他们都是谁呢？
C罗
第一个上榜的当之无愧是世界足球先生C罗，他不仅相貌帅气，同时在球场上的发挥和实力也是有目共睹的，多次带领球队获胜夺冠，并赢得了无数的奖项和荣誉。同样他也是目前最具话题的球星之一，关于他的各类报道一直霸占着网络和杂志，论影响力和实力都是毋庸置疑的。
梅西
再举出一个最接近球王称号的人物，第二个想到的一定非梅西莫属，作为阿根廷队的主力核心，梅西撑起了整个团队的实力，具有横扫全场的气势，曾击败过如C罗一样强大的对手，可见实力不容小觑，也奠定了梅西在足坛上的地位。
罗纳尔迪尼奥
第三个则是曾经两年获得世界足球先生称号的罗纳尔迪尼奥，他在世界杯舞台上的表现可谓是出色无比的，炫酷且精湛的球技让人印象深刻，特别是他的控球能力和盘带的技巧，给人神乎其技的视觉享受，也让他获得了高度的赞誉，成为最被看好的球星之一。
齐达内
而这一个球星同样也是世界闻名人物，可以说在他的巅峰时刻，说起他的名字无人不知无人不晓，他就是现已退役的法国球员齐达内。他是唯一一个将足球踢出艺术感的球员，优雅而有不做作，有力却不感到野蛮。他的独创性球技一点都不阻挡他的实力，成功收获各大竞赛冠军，是唯一一个大满贯的选手，成就了他 的足球境界。
罗纳尔多
第五个要说的人物便是获得至高无上赞誉的“外星人”罗纳尔多，他开创了足坛的神话，让全世界的人更加了解足球运动，在他的巅峰时刻曾一度成为全面膜拜的对象。他的技术以及战绩的数据，至今都是无人能及的，可遗憾的是他的足球生涯十分短暂，使许多喜爱他的球迷感到 惜。不过说到具备封为球王的资格，罗纳尔多是肯定的。一代球王的诞生，不仅代表着球星们实力的体现，更诠释了世界人民对足球运动的热爱以及足球精神的推崇，也期待着更多可媲美球王的新星出现。
足球史上最佳阵容有很多版本，这一套历史最佳阵容是2013年通过《世界足球》杂志根据记者，教练和已经退役的球员共同投票选出的，梅西则和马拉多纳以及贝利一起进入了前场阵容。
这套阵容的阵型是4-4-2，足球历史上最伟大球员阵容：
门将：列夫-雅辛前苏联
雅辛是唯一一位拿到过金球奖的门将。雅辛在莫斯科迪纳摩度过了自己的全部职业生涯，但他的巨大名气却是在代表苏联的比赛中取得的。
苏联门神雅辛的外号是“黑蜘蛛”，据传在职业生涯的22个赛季里，雅辛一共扑出了超过150粒点球，并且保持了超过220场的零封。雅辛参加过三次世界杯，并在1956年拿到了奥运会的金牌，接着在1960年为苏联拿到了欧洲杯的冠军。
右后卫：卡福巴西
卡福结合了巴西球员所有的特点——速度，技术和韧性。
卡福曾经在1994年和2002年两次拿到世界杯冠军，并且保持着巴西球员代表国家队的出场次数——142。在罗马和AC米兰，卡福也获得了众多荣誉，包括2007年随米兰拿到了欧冠的奖杯。
中后卫：博比-摩尔英格兰
博比-摩尔是唯一一位举起过世界杯的英格兰队长，而且也是西汉姆俱乐部的传奇球员。贝利曾说博比-摩尔是他遇到过的最难缠的后卫，贝肯鲍尔也说他是历史最佳后卫。
弗格森的恩师，著名的斯坦教练曾说：“应该设立一项法律对待他，他比别人能提前20分钟就知道发生了什么。”和他曾并肩战斗过的曼联名宿博比-查尔顿也表示：“看他比赛很享受，没人能对付他。”
中后卫：贝肯鲍尔德国
贝肯鲍尔是唯一一位作为球员和教练都拿到过世界杯的人，同时也是他重新定义了足坛清道夫的角色。俱乐部生涯“凯撒”也毫不逊色，在70年代代表拜仁慕尼黑拿到了4次德甲联赛冠军并且完成了欧冠三连冠的伟业。
左后卫：马尔蒂尼意大利
马尔蒂尼为AC米兰出场超过了900次，拿到了5次欧冠冠军和7次意甲联赛冠军，在米兰25年的时间里一共获得了26项锦标。在国家队，马尔蒂尼代表意大利参加过4次世界杯，共出场了126次。2007年，弗格森爵士曾表示马尔蒂尼是他最喜欢的球员。
中场：迪-斯蒂法诺阿根廷
在50年代，迪-斯蒂法诺为皇家马德里俱乐部带来了巨大的影响，打进了307粒进球并帮助球队拿到了欧冠五连冠。
历史告诉我们迪-斯蒂法诺是一位前锋，但很多人却认为他是足球史上最全面的球员。他本人曾说：“我们是足球运动员，我们应该能够踢全部11个位置。”
中场：克鲁伊夫荷兰
克鲁伊夫曾在1971，1973和1974年三次拿到金球奖，也被看做是现代足球的一位关键创新者。
荷兰人随阿贾克斯和巴塞罗那拿到过很多次联赛冠军和欧冠冠军，但是代表荷兰却并没有拿到过世界杯的冠军。克鲁伊夫留下的遗产让全世界的足球青少年受益，激发他们对于足球的热情。
中场：齐达内法国
齐达内是一位集力量和技巧于一身的球员，法国人追随尤文图斯和皇马拿到了众多荣誉，尤其是代表皇马在2002年欧冠决赛上的那一脚天外飞仙式的进球。
在国家队，齐达内同样是满身荣誉——在1998年和2000年齐祖相继拿到了世界杯冠军和欧洲杯冠军。齐达内职业生涯的最后时刻并不光彩，在2006年的世界杯决赛场上，因为头撞马特拉齐导致被罚下场，最终法国也输掉了世界杯决赛。
中场：马拉多纳阿根廷
阿根廷人的技术独步天下，虽然矮小，但他强壮的身材却保证了在带球时没有人可以阻挡。
马拉多纳最伟大的演出是1986年世界杯率领阿根廷拿到了世界杯冠军。俱乐部生涯中，马拉多纳在那不勒斯和巴塞罗那都曾效力多年。但1991年阿根廷人因为吸 被禁赛15个月。
前锋：贝利巴西
如果评选在 赛场上最伟大的球员，那无疑是桑巴足球第一巨星——贝利。
贝利18岁即代表桑托队出场，一共打进619粒联赛进球，并在职业生涯 打进超过1000粒进球。帮助他赢得了全球声誉则是在世界杯赛场，贝利曾帮助巴西拿到了1958，1962和1970年的世界杯冠军。
博比-查尔顿曾称赞贝利是发明了足球的魔幻人物，而克鲁伊夫则表示贝利是唯一一位超越了逻辑界限的球员。
前锋：梅西阿根廷
梅西是唯一一位现役的入选球员，巴塞罗那前锋在去年创造了众多的记录。仅仅26岁的年龄，梅西已经拿到了6次西甲联赛冠军和3次欧冠冠军。个人荣誉方面，梅西已经成为了巴萨的首席射手，而且在24岁时就已经完成了金球奖三连庄。
在2012年，梅西以91球打破了足球运动员年度进球记录。尽管已经超越了马拉多纳成为了阿根廷国家队的二号射手，但梅西并没有在世界杯赛场上表现出足够的统治力。不过在巴萨的梅西所向披靡，而金光闪闪的4座金球奖，当选也是众望所归。
