敌对组织不同 红宝石：敌对组织是熔岩队。蓝宝石：敌对组织是海洋队。绿宝石：敌对组织既有熔岩队，又有海洋队。宝可梦联盟冠军的不同 红宝石：宝可梦联盟冠军是大吾，冠军的房间的颜色是紫色。蓝宝石：与红宝石一样，宝可梦联盟冠军是大吾，冠军的房间的颜色是紫色。
首先，查查图鉴，看看哪些PM在一起能生。例如水上1组和水上1组能生，就算不是同一种PM也可以。然后再去银叶市（电系道馆）左边的饲育屋，存宠，不断地变换画面，简单的就是不断地从一个房间出来进去，出来进去，过一会再去，原来在栏杆里面的老头出来了，给你一个蛋，孵化就行。
之后看电视，上面说有不明精灵在芳园地区飞行，妈妈问你是蓝水督还是红水督，你选择哪只，以后就会遇到哪只水督。走出屋子，博士会帮你把图鉴升级为386版，之后在芳园地区就可以抓到金银版的精灵了。坐船来到战斗乐园，这里是以前战斗塔的所在地，现已改建为更大的对战地区。
同一种类怪兽（一公一母）去孵化之家（即精灵存放屋）生蛋。同一生蛋组的怪兽（一公一母）去孵化之家生蛋。孵出的怪兽模样像母亲，技能像父亲。
首先，查查图鉴，看看哪些PM在一起能生。例如水上1组和水上1组能生，就算不是同一种PM也可以。然后再去银叶市（电系道馆）左边的饲育屋，存宠，不断地变换画面，简单的就是不断地从一个房间出来进去，出来进去，过一会再去，原来在栏杆里面的老头出来了，给你一个蛋，孵化就行。
把要配种的怪放到那个可以给怪兽升级的老爷爷（也可能是奶奶）那 然后先玩着 玩了一大会后去看看生没生蛋 等拿到蛋后把它放到怪兽格 然后多走走路就出来了~
要到第八个道馆城市往左走，穿过山洞才能到四大天王处，如果还不能打，应该就是三个岛的剧情没完成。
打败首领后得到了最后一个徽章，并且攀瀑布也能在平时使用了。
之后就通关了，通关后，你会回到家里，爸爸会给你一张船票，以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看电视，上面说有不明精灵在芳园地区飞行，妈妈问你是蓝水督还是红水督，你选择哪只，以后就会遇到哪只水督。走出屋子，博士会帮你把图鉴升级为386版，之后在芳园地区就可以抓到金银版的精灵了。
在GBA版本的口袋妖怪游戏中，红宝石、蓝宝石和绿宝石各有不同的战斗和捕捉目标。红宝石主要用于对抗熔岩系和水系的怪兽，玩家可以捕捉古拉顿、蓝水都以及天空之龙（裂空座）。蓝宝石则是水系怪兽的克星，玩家可以捕捉海皇牙、红水都以及天空之龙（裂空座）。
红宝石是可以很容易抓到386只精灵，包括神兽，而且还是量产，可以按剧情抓到固拉多，并且可以到战斗塔，但设施十分地不完善。而蓝宝石和红宝石几乎是一样，但是抓的怪不是固拉多而是盖欧卡，战斗塔也是一样地不完善。
完整度不同 绿宝石：古拉顿、海皇牙、天空龙 红宝石：只能抓到古拉顿、天空龙。蓝宝石：只能抓到海皇牙、天空龙。
红/蓝/绿宝石剧情上大同小异 在红宝石版中，火岩队是反派组织，水舰队是主角的同伴，蓝宝石版反之。对应的主题神兽不同（红宝石：古拉顿+天空龙；蓝宝石：海皇牙+天空龙）。橡实果、长鼻叶、狡猾天狗、大嘴娃、猫鼬斩、太阳岩、固拉多是红宝石版专有的精灵。
