命运石之门的真结局包含五种可能的路径，每一条都塑造了不同的命运。首先，阿尔法上钟羽结局中，凶真和钟羽一同回到了1975年，展开了新的故事篇章。其次，琉球中国的结局里，真由不幸离世，雄真怀着愧疚，与琉球中国共同生活，最终结婚生子。
最后结局两个人都没死。
琉华子结局：冈部最后不愿意再牺牲回忆，最终真由理死在了CM会场。琉华子责问冈部为什么不救她，于是冈部把实情告诉了琉华子。最后琉华子和冈部一起背负着这个罪孽活下去，冈部也没有再被SERN为难，二人结婚生子……菲利斯结局：冈部没有选择牺牲菲利斯父亲来救真由理，他发出了一条全新D-mail。
《命运石之门》结局是冈部最后不愿意再牺牲回忆，最终真由理死在了CM会场。最后琉华子和冈部一起背负着这个罪孽活下去，冈部也没有再被SERN为难，二人结婚生子。
在游戏《命运石之门》的真结局中，玩家似乎已经通达了真由理线，剧情转折令人意外。随后，剧情直接跳转至2025年，即胸针死亡的年份。胸针发送了一条短信（实际上是菲利斯所为），并利用未完成的时间机器返回过去，目标是找到在真由理线中困于2010年7月的真由理和铃羽，由于燃料耗尽，她们被迫滞留。
α线：上铃羽结局：凶真和铃羽一起回到1975年 琉华结局：真由里死去，凶真带着愧疚和琉华一起生活，结婚生子 菲利斯结局：菲利斯的父亲没死，凶真在这条线上，变的除了菲利斯之外和其他人没有了联系(甚至真由里和桶子都没和凶真认识），所以也就没了时间跳跃机器，无法再次改变世界线。
琉华子结局：冈部最后不愿意再牺牲回忆，最终真由理死在了CM会场。琉华子责问冈部为什么不救她，于是冈部把实情告诉了琉华子。最后琉华子和冈部一起背负着这个罪孽活下去，冈部也没有再被SERN为难，二人结婚生子……菲利斯结局：冈部没有选择牺牲菲利斯父亲来救真由理，他发出了一条全新D-mail。
α线：上铃羽结局：凶真和铃羽一起回到1975年 琉华结局：真由里死去，凶真带着愧疚和琉华一起生活，结婚生子 菲利斯结局：菲利斯的父亲没死，凶真在这条线上，变的除了菲利斯之外和其他人没有了联系(甚至真由里和桶子都没和凶真认识），所以也就没了时间跳跃机器，无法再次改变世界线。
有6个结局 1 菲利斯END （虚像歪曲的劣等复合）2 硫华子END （自己相似的两性具有）3 麻由里END （透明的星屑）4 玲羽 END （形而上的坏死）5 红莉栖END （因果律的融解）6 TURE END （境界面上的命运石之门）动漫走的是TRUE END 6都可以在影像版中看到 5和6结局没多大区别 区别。
《命运石之门》的五个结局分别是： α世界线（助手死亡结局）：在这个结局中，冈部伦太郎没有成功拯救牧濑红莉栖（助手），导致她在实验中死亡。这个结局充满了悲伤和绝望，是冈部无法接受的现实。
《命运石之门》结局是伦太郎再次回到过去，还原场景但保住红莉栖的性命，最终在不改变原因的情况下改变了结果，摆脱了世界线的收束，谁都没有死亡。
命运石之门的真实结局是悲剧性的，但它也带有希望的元素。在命运石之门的最后，主角冈部伦太郎为了拯救他的爱人牧濑红莉栖，不断穿越时空寻找 。然而，他的行动导致世界线变动，使得他和其他人的命运都发生了改变。最终，冈部伦太郎决定牺牲自己，回到过去，将红莉栖救下。
助手结局：冈部知道为了救珍由理，他必须在被他推到之前牺牲他的助手。两人感情确定后，刀助理计划返回美国。当Okabe决定按delete键时，助手会出现并向Okabe确认(未完成)。冈部跳回到beta线。
6个结局，琉华线，真由理线，助手线，萌郁线，菲利斯线。
真结局：冈部到达β线后，和这条线的铃羽会面。铃羽将未来冈部提出的作战告知他，让他坐时间机器回到28救助手。
命运石之门的结局是冈部伦太郎成功拯救了牧濑红莉栖。结局详细解释如下：命运石之门的结局是关于时间旅行的故事的一个 部分。在这个结局中，主人公冈部伦太郎经过无数次的尝试和努力，终于找到了阻止β世界线悲剧发生的 。他成功地拯救了牧濑红莉栖，避免了她的死亡。
真结局：境界面上的命运石之门。要达成这个结局，玩家需要按照一系列复杂的步骤操作，包括正确回复角色发来的短信，以及在特定的时间点做出正确的选择。具体来说，玩家需要确保在剧情发展中，不牺牲任何重要的回忆，同时成功拯救所有关键角色。
命运石之门0结局解析：共有6个结局，牧濑红莉栖、椎名真由理、阿万音铃羽、菲利斯、秋叶留未穂各一个结局还有最后的真结局。私密镜里的圣痕 BAD END 结局：秋叶原恐怖攻击中头盔女死亡，真帆生存，真有理&铃羽失踪，桶子决定开发时间机器，冈部没有找到案。
菲利斯结局：冈部没有选择牺牲菲利斯父亲来救真由理，他发出了一条全新D-mail。世界线变动率变为负值。在这条全新世界线上，菲利斯与冈部是情侣，菲利斯的父亲、真由理、包括助手都没死，但是冈部的人际关系发生了巨大变化（他和桶子不再是朋友，也不认识真由理）。
菲利斯结局：冈部没有牺牲菲利斯的父亲去救振宇，而是发了一封新的邮件。世界线的变化率变为负值。菲利斯和冈部是这条新世界路线上的情侣。菲利斯的父亲雅之和他的助手并没有死，但是冈部的关系发生了戏剧性的变化(他和Tuki不再是朋友，也不认识雅之)。冈部打算尝试在这条新的世界线上生活。
在《命运石之门》的最后一集中，出现了三个凶真版本，分别是2010年7月28日的凶真a、2010年8月21日的凶真b，以及2025年8月21日的凶真c。 凶真b在回到beta世界线后，遇到了来自未来2036年的玲羽，并随她回到2010年7月28日，试图阻止牧濑红莉栖在这一天的死亡。
α线：上铃羽结局：凶真和铃羽一起回到1975年 琉华结局：真由里死去，凶真带着愧疚和琉华一起生活，结婚生子 菲利斯结局：菲利斯的父亲没死，凶真在这条线上，变的除了菲利斯之外和其他人没有了联系(甚至真由里和桶子都没和凶真认识），所以也就没了时间跳跃机器，无法再次改变世界线。
最后结局两个人都没死。
牧濑红莉栖。命运石之门真结局是男主和女主牧濑红莉栖在一起，冈部在未来的自己的提醒下，一次使用时空机回到牧濑红莉栖将要被害的时间段，用自己的鲜血制造牧濑红莉栖死掉了假象，从而救牧濑红莉栖。
菲利斯结局：冈部没有牺牲菲利斯的父亲去救振宇，而是发了一封新的邮件。世界线的变化率变为负值。菲利斯和冈部是这条新世界路线上的情侣。菲利斯的父亲雅之和他的助手并没有死，但是冈部的关系发生了戏剧性的变化(他和Tuki不再是朋友，也不认识雅之)。冈部打算尝试在这条新的世界线上生活。
最后结局两个人都没死。α世界线是真由理死，β世界线是助手死，但是真正的结局是凶真使用欺骗整个世界的 拯救了助手，真由理也没死，最后凶真和助手在一起了。可以说是进入了α和β以外的世界线了。这是游戏的真正结局，相信动画也是走这个结局的。
凶真拥有两个世界线的记忆，即逃避了嘟嘟噜的死又救了助手来到石之门的世界线，但是强烈的记忆使他整个人在时间线上存在非常薄弱，然后消失去偏离石之门世界线的0000001的R世界线，剧场版结局片子本身就说过，翎羽是未来做助手的时光机来的，因为那时候凶真已经消失，助手没有勇气救凶真。
《命运石之门》结局是伦太郎再次回到过去，还原场景但保住红莉栖的性命，最终在不改变原因的情况下改变了结果，摆脱了世界线的收束，谁都没有死亡。
